La estructura básica de Moodle está organizada alrededor de cursos o Aulas virtuales.
Estas aulas son básicamente, páginas o áreas dentro de Moodle en donde los profesores pueden presentar sus recursos y actividades a los estudiantes.
Pueden tener diferentes disposiciones, pero usualmente incluyen un número de secciones centrales en donde se muestran los materiales y en donde hay bloques laterales que ofrecen información o características extra.
Los cursos pueden tener contenido para un año de estudios, para una sesión única o para cualquier variante, dependiendo del establecimiento o el maestro.
Pueden ser usados por un maestro o por un grupo de maestros.